Subito dopo l'8 settembre 1943 il giovane Agnini si diede ad organizzare a Roma gli studenti universitari e i liceali antifascisti del quartiere Monte Sacro. Nell'ottobre dello stesso anno aveva già costituito l'ARSI (Associazione Rivoluzionaria Studentesca Italiana), che nel febbraio del 1944 sarebbe confluita nell'Unione Studenti Italiani. Alla testa dell'ARSI il giovane si diede, con i suoi compagni, a raccogliere armi ed informazioni utili alla lotta contro i tedeschi. Ferdinando Agnini provvide anche alla stampa di un foglio il cui titolo era "La nostra lotta" e, in collaborazione con gruppi di patrioti comunisti della V Zona, organizzò azioni contro i nazifascisti. Catturato in seguito a delazione il 24 febbraio 1944, Agnini fu lungamente torturato in via Tasso e quindi fucilato alle Fosse Ardeatine. Dopo la Liberazione, sulla facciata dell'Istituto "Quinto Orazio Flacco", a Monte Sacro, è stata apposta una lapide che recita: "In questa Aula - Pur in oscuri tempi di vivere servile - A forti e liberi sensi - Educò mente e cuore - Ferdinando Agnini - che alle Fosse Ardeatine il 24.3.1944 - Immolava - Vittima consapevole - La sua giovinezza all'umanità libera - Professori e studenti lo vollero ricordare".