Da Ponte, sebbene non più giovane, si era impegnato nella Resistenza nella bassa friulana ed era stato nominato commissario politico del Battaglione partigiano "Montina". Nell'ottobre del 1944, catturato a Pocenia dai repubblichini della Decima Mas, era stato trasportato a Palmanova e rinchiuso nella caserma "Piave", che era diventata la sede del Comando forze di repressione antipartigiana e luogo di tortura.
I fascisti seviziarono a lungo il prigioniero, per costringerlo a rivelare i segreti dell'organizzazione di cui faceva parte, ma non una parola uscì dalle labbra di Emilio Da Ponte. Inferociti dal suo sprezzante silenzio, i militari fascisti riservarono al commissario partigiano una morte atroce: lo legarono mani e piedi a due cavalli da tiro e poi fecero partire gli animali in direzione opposta, squartandolo.