Dopo la proclamazione dell'armistizio dell'8 settembre 1943, decise di partecipare alla lotta di liberazione nelle file della Resistenza piemontese. Diventato comandante di una brigata della Divisione "De Vitis" operante in Val di Susa e in Val Chisone, prese parte a numerose azioni di guerra partigiana. Dopo la Liberazione, Fassino è stato membro del Consiglio della comunità della bassa Valle di Susa e Cenischia.
Nel sessantesimo della Liberazione, l'Amministrazione comunale di Avigliana ha deciso di intitolare ad Eugenio Fassino, prematuramente scomparso, un Centro polifunzionale comprendente biblioteca, scuola di formazione per i giovani, auditorium e teatro, realizzato nella ex sede dello stabilimento "Cavitor". "E' un invito a non smarrire il senso della nostra storia, a ricordare quali sono le nostre radici": così Piero Fassino, segretario dei DS, ha commentato l'iniziativa del Comune di Avigliana per onorare suo padre.