Per la sua militanza nell'organizzazione comunista clandestina, Magli fu confinato per 18 mesi nell'isola di Lipari. Tornato in libertà, l'operaio riprese l'attività antifascista e ciò gli valse, nel luglio del 1939, un nuovo arresto. Condannato dal Tribunale speciale a sette anni di reclusione, fu rinchiuso prima nel carcere di Civitavecchia e poi in quello di Castelfranco Emilia.
Riacquistata la libertà alla caduta del il fascismo, dopo l'armistizio partecipò alla Resistenza nel Bolognese. Membro del Comando della I Brigata Garibaldi “Irma Bandiera”, Magli vi assolse il ruolo di ispettore. Fu catturato e ucciso dai fascisti poche settimane prima della Liberazione di Bologna. Il suo corpo, il viso deturpato dalle sevizie, fu trovato con quello del commissario della I Brigata, Clelio Fiocchi, in via Falegnami.
Porta il nome di Elio Magli la Sezione dell'ANPI di Sambuca Pistoiese.