Laureatosi in Legge, lavorava come impiegato al Loyd triestino. Dopo l'8 settembre 1943 prese parte alla guerra di Liberazione, come ufficiale di collegamento tra le Brigate “Garibaldi” triestine e friulane e le formazioni partigiane jugoslave. In quel periodo diresse anche l'edizione clandestina del giornale comunista Il Lavoratore, che avrebbe diretto, dopo la Liberazione, con Ferrer Visentini. Poliglotta ed uomo di vasta cultura, nel dopoguerra Mario Pacor fu, sino al 1961, giornalista a l'Unità, prima a Trieste e poi nella redazione di Milano.
Lasciato il giornalismo attivo, Pacor si trasferì a Novara e si dedicò agli studi di storia contemporanea, scrivendo importanti libri sui problemi dell'Europa orientale. Delle sue opere ricordiamo: Confine orientale, edito da Feltrinelli nel 1964, Italia e Balcani dal Risorgimento alla Resistenza (Feltrinelli, 1968), Lotte sociali e guerriglia in pianura (con Luciano Casali, nel 1972, per gli Editori Riuniti).
A Novara, Pacor fu tra i promotori della nascita del Raggruppamento unitario della Resistenza e poi dell'Istituto Storico della Resistenza e dell'Età contemporanea nel Novarese-Verbano-Cusio-Ossola. L'Istituto, che nel 1976 è stato intitolato a Piero Fornara, si sviluppò nella sua sede originaria di via Cannobio, proprio grazie all'impegno di Mario Pacor che, quando si trasferì a Bergamo, collaborò ancora, per diversi anni, con il locale Istituto storico della Resistenza.