Aveva soltanto undici anni quando cominciò l'attività politica, diffondendo la stampa operaia nel suo paese natale. Nel 1922, Padoan divenne uno dei principali diffusori de Il fanciullo proletario e, l'anno dopo ancora, entrò a far parte della Gioventù comunista. Quando, nel 1924, la sua famiglia emigrò a Lione, il giovane si diede a svolgere attività sindacale in terra di Francia.
Anche il rientro in Italia, per assolvere al servizio di leva, fu per Padoan l'occasione per riprendere l'attività antifascista. Congedato e tornato a Cormons, divenne membro del Comitato di zona di Monfalcone del P.C.d'I. Arrestato nel luglio del 1934 e processato dal Tribunale speciale, fu condannato a sedici anni di prigione. Per il giovane antifascista cominciarono le peregrinazioni dal carcere di Fossano a quello di Saluzzo, a quello di Castelfranco Emilia, che lasciò nell'agosto del 1941, in seguito a vari provvedimenti di amnistia e condono, ma sempre rifiutando la grazia richiesta da sua madre (che sarebbe poi morta ad Auschwitz, dove fu deportata durante l'occupazione nazifascista).
Scarcerato, Giovanni Padoan riprese subito l'attività politica e, nel settembre 1943, fu tra i primi organizzatori del movimento partigiano. Membro del CLN di Gorizia, in ottobre divenne commissario politico (col nome di battaglia di “Vanni”) del battaglione “Mazzini” della Brigata Garibaldi “Friuli”, che fu la prima Brigata garibaldina italiana operante nella zona del Collio. In seguito “Vanni” fu commissario della Divisione Garibaldi “Natisone” e vicecommissario del Raggruppamento Divisioni Garibaldi “Friuli”. Con questo incarico di direzione fu, con Mario Lizzero, uno dei firmatari, il 7 maggio 1944, degli accordi internazionali fra la Resistenza italiana e quella jugoslava.
Nel dopoguerra Giovanni Padoan ha ricoperto importanti incarichi nel movimento politico e democratico del Friuli. Dal 1950 al 1952 e dal 1956 al 1959, “Vanni” è stato costretto ad espatriare, in seguito ai processi intentati contro i partigiani per i fatti di Porzus, nei quali fu assolto a Lucca, condannato in appello a Firenze, assolto quindi per amnistia generale, mentre conduceva una generosa battaglia per dimostrare la propria estraneità ai fatti.
Giovanni Padoan si è battuto con successo per superare la frattura che, in seguito a quel dramma, si era creata negli anni della “guerra fredda” tra le forze della Resistenza, e ha pubblicato nel 1966 il libro Abbiamo lottato insieme - Partigiani italiani e sloveni al confine orientale.