Con i gruppi mazziniani istriani e triestini partecipò, giovanissimo, alle lotte irredentistiche. Italianizzando in Pagano il suo nome, fu anche volontario nell'Esercito italiano durante la Prima guerra mondiale; più volte ferito e decorato, nel 1919, partecipò pure all'impresa fiumana. Ripresi gli studi e laureatosi a Torino fu fautore di un rinnovamento dell'architettura italiana in senso funzionalista e razionalista. Perciò fu in polemica aperta col monumentalismo piacentiniano e con i Piani regolatori (“sventratori” delle città antiche) del regime.
Direttore della rivista Casabella, per evitarne la soppressione, quando durante la Seconda guerra mondiale fu richiamato, chiese di essere mandato al fronte; ma dopo il settembre 1943, Giuseppe Pagano aderì al Partito socialista ed entrò nella Resistenza. Organizzatore di formazioni partigiane a Massa (una lapide ne ricorda il sacrificio in via Santa Chiara), fu arrestato dai fascisti. Incarcerato a Brescia, progettò e realizzò un'evasione collettiva. Ripreso, dopo essere stato torturato dai fascisti della “banda Koch”, fu consegnato ai tedeschi e deportato a Bolzano e di lì a Mauthausen e a Melk. Si spense nel lager, alla vigilia della Liberazione. Tra le opere di Pagano, la sede dell'Università Bocconi a Milano.