Negli anni Venti aveva dovuto riparare in Francia per sottrarsi alle violenze delle squadracce fasciste e a Tolosa, nonostante dovesse lavorare duramente per sopravvivere, svolse un'intensa attività politica antifascista tra gli emigrati italiani. Nell'ottobre del 1936, Rubini lasciò in Francia la moglie e il figlio per accorrere in difesa della Repubblica spagnola. Inquadrato nel Battaglione Garibaldi, prese parte a molti combattimenti sino a che, nel luglio del 1937, fu gravemente ferito a Brunete. Dichiarato invalido, Egisto Rubini dovette tornare a Tolosa.
Riprese il suo lavoro di muratore, ma si impegnò in tutte le iniziative a sostegno dei combattenti antifascisti di Spagna. L'occupazione tedesca della Francia trovò di nuovo Rubini in prima linea: nel 1942, nel Lot-et-Garonne, l'emigrato italiano divenne il comandante di una formazione dei Francs-tireurs-et-partisans, per passare poi a comandare distaccamenti di FTP operanti a Nizza e nelle Alpi Marittime.
Nel 1943 Egisto Rubini passa in Italia ed è incaricato di organizzare a Milano il primo Gruppo di Azione Patriottica. Con i suoi gappisti, il 18 dicembre, Rubini conduce l'azione contro il segretario federale fascista Aldo Resega, poi quella contro il questore repubblichino di Milano ed altre ancora.
Pochi mesi dopo, individuato dalla polizia, è arrestato a Sesto San Giovanni. Portato in carcere a Milano, il comandante dei GAP milanesi è sottoposto a feroci torture per estorcergli informazioni. I suoi aguzzini lo picchiano, gli strappano le unghie, gli appoggiano un ferro rovente sulle cicatrici delle ferite riportate in Spagna, ma il gappista non parla. Rubini sviene e i fascisti lo sbattono in una cella. Quando il ferito si riprende, teme di non poter resistere a nuove sevizie. Raccoglie le ultime forze, lacera un lenzuolo e, quando i fascisti tornano per riprendere le torture, lo trovano impiccato alle sbarre della prigione.
Toccherà poi a Giovanni Pesce assumere, a Milano, il comando della formazione GAP "Egisto Rubini".