Prestava servizio a Roma, come Guardia di Pubblica sicurezza. Il 10 ottobre del '43, dopo l'occupazione tedesca della Capitale, si unì alla banda “Napoli”, che operava al comando del colonnello Salinari. Scaglia, che svolgeva compiti di collegamento, il 28 marzo 1944 fu arrestato dalle SS in Piazza Esedra, mentre era in attesa di un incontro con altri patrioti. Il 9 maggio il giovane fu sommariamente processato a Palazzo Braschi dai fascisti della “banda Pollastrini”.
Il 3 giugno, vigilia della liberazione della Capitale, Emilio Scaglia fu fucilato, sugli spalti di Forte Bravetta, da un plotone della Polizia Africa Italiana (Pai). Con lui furono uccisi un suo collega (Giovanni Lupis), il carabiniere Fortunato Caccamo, il maggiore Costantino Ebat, il tenente pilota Mario De Martis e il sergente Guido Orlanducci.
Alla memoria di Scaglia fu poi concessa la medaglia d'argento. Il 2 giugno 2009 la caserma della polizia stradale di Domodossola, in via Romita, è stata solennemente intitolata a Emilio Scaglia.