La Fondazione è dotata di oltre tremila metri lineari di scaffalature, suddivise tra biblioteca, emeroteca, archivio, fototeca e cineteca.
Oltre al patrimonio di libri e riviste sulla storia contemporanea (una biblioteca di 80.000 volumi, libri ed opuscoli, ed una emeroteca di 15.000 testate tra periodici chiusi e correnti) la Fondazione possiede diversificati fondi documentari.

La sezione “Politico-sociali” si compone di oltre 120 fondi, che raccolgono documenti, materiale di propaganda, stampa e fotografie. Riunisce, fra gli altri, gli archivi di formazioni e protagonisti della Resistenza, quali la 4a divisione Garibaldi Sap Martiri, il Cln di Milano e sobborghi, il Cln di Sesto SanGiovanni, l’ANPI, l’ANED.
Vi sono raccolte le testimonianze di partigiani di Monza e della Brianza e di molti altri luoghi.

La Fondazione Isec è da sempre collegata alla rete dell'Istituto Nazionale per la Storia del Movimento di Liberazione in Italia.

L'Archivio storico della Resistenza bresciana e dell'età contemporanea nasce come Istituto storico della Resistenza bresciana nel 1967.
Nell'Istituto era confluito l'Archivio delle Divisioni Fiamme Verdi, costituito a Cividate Camuno da don Carlo Comensoli già a partire dall'estate del 1945.