All'8 settembre, l'Egeo – sede di un possedimento italiano comprendente le Sporadi meridionali (Dodecaneso) – è controllato da due divisioni italiane, (la Regina in Dodecaneso e la Cuneo nelle Sporadi settentrionali), poste sotto il controllo del Comando Forze Armate Egeo, dipendente dal Gruppo Armate Est fino all'armistizio e poi dal comando supremo.
Il comando delle forze armate dell'Egeo è tenuto dall'ammiraglio Igino Campioni, che ha sede a Rodi, l'isola principale, presidiata da circa 35.000 italiani e 7.000 tedeschi. Anche a Rodi la notizia dell'armistizio giunge improvvisa, senza nessun preavviso del comando supremo. Sull'isola si verificano alcuni scontri, soprattutto grazie all'iniziativa di pochi comandanti di reparto che ritengono doveroso resistere. Campioni, invece, intavola delle trattative con il comando tedesco, e alla fine decide di arrendersi, pur rifiutando di ordinare la resa ai reparti da lui dipendenti stanziati nelle altre isole. Verrà deportato, consegnato alla RSI e fucilato a Parma il 24 maggio 1944, insieme all'ammiraglio Luigi Mascherpa, comandante di Leros e artefice di un'opposizione ai tedeschi molto più significativa. Caduta Rodi in mani tedesche, le isole di Kos e Leros tenteranno di resistere al fianco dei britannici.
Il Dodecaneso sarà occupato dai tedeschi fino alla fine della guerra. La brutale strategia di occupazione da parte dei reparti del Reich, sostenuti da collaborazionisti italiani, avrà numerose vittime tra i soldati – molti internati, in condizioni durissime, sull'isola stessa – e la popolazione. In particolare, la comunità ebraica di Rodi e Kos verrà interamente deportata nei lager nell'estate del 1944, e là scomparirà.
Alcuni italiani, come il capo cannoniere Pietro Carboni, si daranno alla macchia, rendendosi protagonisti di episodi, spesso sfortunati, di resistenza individuale.